项目确认及登记实行属地化管理。企业研究开发的项目按工作职能分别由企业所在地的省辖市、县（市）科技部门或经信委进行确认，由主管税务机关进行项目登记。主管税务机关有疑义的，提请上一级（省、市）税务机关会同有关部门提出鉴定意见。
省地税局直属税务局和省国税局直属分局管辖的企业，项目登记分别由省地税局直属税务局、省国税局直属分局受理登记。
项目确认及登记可采取以下任一种方式：
（一）企业向政府科技部门或经信委申请项目确认，政府科技部门或经信委审核并出具《企业研究开发项目确认书》后，由政府科技部门或经信委等部门连同申请资料一同提交同级主管税务机关，税务机关审核并进行项目登记。
（二）企业向主管税务机关申请项目登记，税务机关统一受理企业研发项目资料，提请政府科技部门或经信委进行项目确认，税务机关再进行项目登记。
项目确认及登记依项目进行申请。企业当年存在多个研究开发项目的，按项目进行确认和登记。企业当年存在自行开发、委托开发、合作开发、集中开发项目的，按开发项目类别逐项进行确认和登记。
项目登记采取编号的办法，每个项目一个编号。企业跨年度的研发项目，采取一次登记编号的办法。
企业申请项目确认和登记时，应报送以下资料：
（一）《江苏省企业研发项目情况表》（一式三份）。
（二）自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算（两份）。
（三）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单（两份）。
（四）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件（两份）。
（五）委托、合作、集中等研究开发项目的合同或协议（两份）。
（六）税务机关、政府科技部门或经信委等部门需要提供的其他资料。
政府科技部门或经信委在收到企业或税务机关转送的项目资料后，审核申报的研发项目是否符合《国家重点支持的高新技术领域》（国科发火〔2008〕172号）和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》（国家发展改革委员会等部门2007年度第6号公告），并在10个工作日出具《企业研究开发项目确认书》。
税务机关受理企业项目资料后，在3个工作日内将企业申请资料提交政府科技部门或经信委进行项目确认。
税务机关应在收到《企业研究开发项目确认书》和企业其他申请资料之日起10个工作日内审核并进行项目登记。
企业当年立项或变更立项的研究开发项目，应自项目立项或变更立项之日起1个月内申请项目确认和登记；企业跨年度开发的研发项目，在首次立项研发的年度申请项目确认和登记，以后年度不再报送研究开发项目确认和登记资料。
税务机关应加强企业研发项目的审核工作。对无异议或不予登记的项目，向企业出具《企业研发项目登记信息告知书》，告知项目登记号或不予登记的原因。对集中开发项目，由企业集团主管税务机关同时抄送本省参与项目研发各成员公司的主管税务机关。
研究开发项目出现下列情况之一的，属于研究开发项目变更的情形，企业应办理研究开发项目变更登记，重新取得研究开发项目登记号：
（一）项目开发方式（自行开发、委托开发、合作开发、集中开发）发生改变的；
（二）原申报的研发项目中的部分内容发生调整，或者研究开发费预算发生改变超过10%的；
（三）需要变更登记的其他情形。
各地税务机关与政府科技部门和经信委可根据本地实际情况联合制订本地区的项目确认及登记办法，明确本地区项目确认和登记的具体流程。
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