多肽疫苗分为3大类:
1、抗病毒相关多肽疫苗，包括HBV、HIV、呼吸道合胞病毒等；
2、抗肿瘤相关多肽疫苗，包括肿瘤特异性抗原多肽疫苗、癌基因和突变的抑癌基因多肽疫苗；
3、抗细菌及寄生虫感染的多肽疫苗，如结核杆菌短多肽疫苗、血吸虫多抗原多肽疫苗和恶性疟疾的CTL表位多肽疫苗。
多肽疫苗具有安全、容易制备、特异性强、易于保存和应用的特点。
多肽疫苗在临床实验中的安全性、免疫原性和抗癌 效果事必须考虑的问题。首先，任何诱发免疫反应的尝试，尤其事对于那些弱抗原，如果癌症患者的免疫系统已经被抑制，那将是无用的。而许多传统的第二线抗癌治疗，比如说化疗和放疗可能有很高的免疫抑制。因此，服用任何种类的多肽疫苗，免疫系统从上述治疗所引起的效应中复原事重要的。因此通过以下方法增强多肽疫苗的免疫原性和稳定性。1抗原肽必须与适当的佐剂配合，以促进他们向DC传递，同时活化APC，触发T细胞应答。2肽段与MHC分子结合的亲和力事引起免疫应答的决定因素。所以可以置换氨基酸残基提高与MHC分子亲和力。3、修饰空间结构，模拟天然表位构象。4、使用DC多肽疫苗。5、化学修饰肽段增加稳定性。
多肽疫苗克服了传统疫苗的许多缺点，可大规模化学合成，易于纯化，在人体应用在非常安全。如果在短肽上链接一些化合物制备成内在佐剂，可大大提高免疫效应。另外制备多价疫苗，接种后可同时预防多种疾病。尤其在肿瘤治疗中应用广泛，可降低由放疗、化疗带来的巨大副作用，对肿瘤细胞具特异性杀伤。这些特点都预示着多肽疫苗可能是疫苗学的发展方向。
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